Il Gran Salone della Meridiana è una delle più imponenti aule coperte d'Europa; la sua costruzione, iniziata tra il 1612 ed il 1615, ed ostacolata da problemi statici venne tuttavia ultimata solo nel 1804. Tra il 1790 ed il 1793 l'astronomo Giuseppe Casella pensò di installare nella sala un Osservatorio Astronomico, ma del suo progetto fu solo realizzata la meridiana solare che dà tuttora nome alla sala.

La collezione documenta in senso cronologico alcuni tra i più significativi reperti provenienti dalla necropoli di Partenope, il primo abitato rodio o più probabilmente cumano, posto sulla collina di Pizzofalcone ed occupato dalla metà del VII alla metà del VI se. a.C., e dalla Napoli greca e romana, colonia fondata da Atene e Siracusa con apporti Pithecusani tra la fine del VI e gli inizi del V sec. a.C., coincidente con il centro storico cittadino.

Il Medagliere contiene materiali che coprono un arco cronologico estremamente ampio: dalle prime monete battute in Magna Grecia sino ad esemplari del Regno delle Due Sicilie, pervenuti al Museo sia in seguito all'acquisizione di collezioni private, sia grazie agli scavi condotti in area vesuviana e nell'Italia meridionale.